Con tàu khinh khí chở Conan và bạn bè đã bị một nhóm khủng bố khống chế. Đó cũng chính là nhóm tội phạm vừa tiến hành tấn công Viện nghiên cứu vi sinh quốc gia và lấy đi một loại vi khuẩn cực kì nguy hiểm.
Bọn chúng đã rải vi khuẩn lên tàu khiến một số hành khách lây nhiễm, trong đó có Ran...
Liệu Conan có chiếm lại được con tàu từ tay bọn khủng bố và tìm cách cứu Ran cũng như thành phố Osaka trước đại thảm họa sinh học?
Đừng bỏ lỡ pha hành động hồi hộp nghẹt thở của Conan và Kid!