Điệp viên X đã có mặt trên chiến hạm Hotaka nhằm mục đích lấy cắp dữ liệu của bộ phòng vệ Nhật Bản. Conan đã phối hợp ăn ý cùng Fujii - một sĩ quan tình báo cấp cao để xác định danh tính điệp viên bí ẩn kia.
Trong quá trình phá án, Conan đã phải huy động tới sự hỗ trợ của cặp đôi "đồng nghiệp" Heiji - Kazuha và cả Ran nữa. ..Lời hứa năm xưa với Ran liệu có giữ được khi Conan đối mặt với tình huống vô cùng nguy hiểm giữa trùng khơi dậy sóng!?